ФГУП «Нацрыбресурс» является подведомственным предприятием Федерального агентства по рыболовству, обеспечивающим интересы государства в проектах государственно-частного партнерства, реализуемых под эгидой Агентства, в сфере рыбопромышленного комплекса.